承古而不泥于古，注重创新，是贯穿王玉川研究中医理论的一条主线。比如，他论述阴阳学说的演变，认为从《周易》的一分为二、二分为四，到中医学中的三阴三阳，是古代医家为适应医疗需要的一种改进，用三阴三阳能更精确地区分阴阳能量的盛衰多少。那种把三阴三阳的性质和次序认为是不能变动的“死板的规定”，是不符合实际的。
多年来，辨证论治被视为“中医特色”的重要标志，但是，王玉川认为这种提法并不合适。首先，辨证论治的统治地位是在牺牲了“同方异治”的宝贵经验，扼杀了寻找广谱有效方药的热情之后才取得的；其次，辨证论治的辉煌成就使人们的思维陷入永恒不变的公式之中，在辨证论治的圈子里打转，与创新的客观要求越来越远。他认为，那种认为辨证论治可解决一切问题，如果解决不了只能怨自己没有掌握好的思想“是一种现代迷信”，是只求稳定不求上进的表现。
王玉川常说，一个学者所以能著书立说成一家之言，就不能没有一点可取之处，一篇文章做出了荒唐的结论，也不等于其中没有一点有价值的材料。因此对古代文化遗产，应采取审慎的态度，吸取合理内核，这体现了他“创新而不废古”的学术境界。
在对五行学说的研究中，王玉川甄别经学五行与医学五行，认为五脏五行说引入中医学后，不再艰涩难懂，实用价值较高。同时他看到，在五行归类、生克、承侮、制化以外，譬如“五行互藏”的内容仿佛已被遗忘，成为五行学说的研究空白，教材也没有反映。事实上，被遗忘的“五行互藏”有重要意义，比如在此基础上提出的《内经》阴阳二十五人的体质学说，比古希腊希波克拉底的气质学说、苏联巴甫洛夫的神经类型学说，都更为细致和全面。
上世纪六七十年代，由于左倾路线的影响，运气学说一度被打入冷宫。王玉川可谓当代研究运气学说最有成就的人。他1993年主编的《运气探秘》代表了当时研究的最高水平。他探讨五运和六气的体系问题，指出平气概念的重要性，从西汉的灾害性天气论证了运气学说的科学性，阐发《素问》遗篇的学术价值。
“创新是硬道理，是科学技术的生命线。”王玉川认为，“有是证用是方”的原则是不对的。这种方证对应关系无一不是建立在“以方测证”，即是根据方药性味功能推测出病理状态这一方法的基础之上，在方药功能固定的前提之下，以方测证的结果当然百分之百符合方证相对的原则。然而，现代研究告诉我们，任何一味中药都含有多种有效成分，它们的药理作用也往往是多方面的，二味以上组成的复方则更为复杂。所以，“以方测证”本身，就不是什么正确可靠的唯一科学方法。如果我们停留在这个水平上，就永远也不会有所发现、有所前进，方证之间相互关系的谜团也就永无解开之日。
治学做人
“看过他书批的人，都很震惊”
虽然时代久远，纸面泛黄，但他亲手描画的双螺旋体和多肽链，依然清晰而美好。他独立思考，在学问上敢于向权威挑战，生活中却淡泊低调，特立独行。“人家说我好也行，说我不好也罢，都一样！”
采访王玉川，是件很不容易的事。费尽各种周折。5月的一天，他终于如约坐在了北京中医药大学的办公室。然而面对媒体，他还是不愿多说什么，好在事先采访过知情人。北京中医药大学鲁兆麟教授说，“看过他书批的人，都很震惊。”
墙边立着一排书柜，信步走过去，翻出一本用1984年的日历装订的笔记本。日历背面写着一行行整齐小楷，红色、蓝色间杂铅笔，有的字下面划着重点号或横线，内容是关于孙思邈《外台秘要》的方药体会。再随意打开一本硬皮笔记，上面整齐地记着生物化学的内容，其中一页用极细的铅笔画着细胞RNA与蛋白质合成分解图，虽然时代久远，纸面泛黄，但双螺旋体和多肽链的结构依然清晰而美好。
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